Quelltext der Seite Ramachandran-Plot

[[Datei:Ramaplot.png|mini|hochkant=1.2|Ein Ramachandran-Diagramm des Proteins [[PCNA]], eines menschlichen Enzyms aus der Replikationsmaschinerie, das sowohl [[Β-Faltblatt|β-Faltblätter]] als auch [[Α-Helix|α-Helices]] enthält ([[Protein Data Bank|PDB]] ID 1AXC). Auf der [[Ordinate]] sind die ψ-, auf der [[Abszisse]] die φ-Winkel aufgetragen.]]

Ein '''Ramachandran-Plot''' (auch Ramachandran-Diagramm) ist ein [[Diagramm]], das die [[statistische Verteilung]] von Kombinationen von jeweils zwei [[Diederwinkel]]n (φ und ψ) eines bestimmten [[Protein]]-[[Backbone (Biochemie)|Backbones]] darstellt. Es ist nach dem indischen Wissenschaftler [[G. N. Ramachandran]] benannt.

[[Datei:Protein backbone PhiPsiOmega drawing.jpg|mini|links|hochkant=0.6|[[Diederwinkel]] φ und ψ, ω im Rückgrat eines Proteins]]

Mathematisch gesehen ist der Ramachandran-Plot also eine Darstellung einer Funktion <math>f: \left[-\pi,\pi\right[ \times \left[-\pi,\pi\right[ \rightarrow \mathbb{R_{{}+{}}}</math>.

''Ramachandran-Plot''s sind für jeweilige bestimmten Typen von [[Protein]]-[[Molekül]]en charakteristisch. Man kann anhand eines ''Ramachandran-Plot''s auch die Häufigkeit von [[Α-Helix|α-Helices]], [[Β-Faltblatt|β-Faltblättern]] und anderer [[Protein-Sekundärstruktur]]en im Molekül abschätzen.

Der Ramachandran-Plot ist ein wichtiges Modul in Computerprogrammen, die automatisch die Qualität von Strukturbestimmungen ([[Kristallstrukturanalyse]]n, [[Kernspinresonanzspektroskopie]] usw.) bei Proteinen überprüfen, zum Beispiel in WHATIF,<ref>[http://swift.cmbi.ru.nl/whatif/ WHAT IF Homepage]</ref> PROCHECK<ref>[http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/PROCHECK/ PROCHECK Homepage]</ref> oder USF.<ref>[http://xray.bmc.uu.se/usf USF - Uppsala Software Factory]</ref> Alternativ kann ein [[Janin-Plot]] verwendet werden.
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== Literatur ==
* G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan und V. Sasisekharan (1963): ''Stereochemistry of polypeptide chain configurations.'' In: ''J. Mol. Biol.'' Bd. 7, S. 95–99, PMID 13990617.

== Weblinks ==
* [http://kpwu.wordpress.com/2007/02/15/making-ramachandran-plot-by-your-self/ Daten, um die Bereiche in einem Ramachandran-Plot zeichnen zu können] (englisch)

== Einzelnachweise ==
<references />

[[Kategorie:Bioinformatik]]
[[Kategorie:Kristallographie]]
[[Kategorie:Diagramm]]
[[Kategorie:Biophysikalische Methode]]